Historické počátky Nového Města na Moravě spadají do poloviny 13. století, kdy zdejší území poblíž hranice mezi Čechami a Moravou bylo ještě téměř celé zarostlé pomezním pralesem.
Vznik Nového Města na Moravě úzce souvisí se založením cisterciáckého kláštera ve Žďáře nad Sázavou. Klášter založil v roce 1252 znojemský purkrabí Boček z Obřan na pomezním zalesněném území, které získal jeho tchán Přibyslav z Křižanova. Část zděděného území daroval Boček klášteru a na druhé části pokračoval on i jeho dědicové v kolonizaci. Dříve než Boček v roce 1255 zemřel, založil ještě v místě dnešního Nového Města na Moravě osadu. Když olomoucký biskup Bruno v roce 1267 potvrzoval Bočkův odkaz klášteru, je tato osada uvedena pod názvem Bočkonov (Bočkov) spolu s Bobrovou a Žďárem při vymezení území, ze kterého náleží desátky žďárkému klášteru.
Založená osada se rychle zdárně vyvíjela, protože již v roce 1293 je v listině krále Václava II. nazývána městečkem s latinským názvem NOVA CIVITAS. Touto listinou král stanovil soudní pravomoc kláštera nad některými městečky. Je mezi nimi i naše Nové Město.
V roce 1312 zemřel Bočkův vnuk Smil z Obřan, a protože to byl poslední mužský potomek rodu, přechází jeho rodový majetek na nejbližšího příbuzného Jindřicha z Lipé. Páni z Lipé zdědili tedy vedle Obřan i Nové Město. V okolí sami založili některé osady, a tím se začalo vytvářet malé samostatné novoměstské panství.
Páni z Lipé postavili pravděpodobně na konci 14. století v Novém Městě tvrz. Jeden z jejich potomků, rovněž Jindřich z Lipé, dal v roce 1452 Novému Městu první známé písemné potvrzení práva na výrobu sladu.
Předposlední z pánů z Lipé v Novém Městě, Pertold z Lipé, ustanovil v roce 1476 Viléma z Pernštejna poručníkem svého nezletilého syna Jindřicha. Po smrti Pertolda v roce 1482 vládl novoměstským statkem v podstatě již Vilém z Pernštejna. V roce 1496 zasnoubil Vilém Jindřicha se svou dcerou Bohunkou a od Jindřicha koupil novoměstské panství.
Vilém z Pernštejna vymohl hned v roce 1499 Novému Městu dva výroční trhy. V roce 1500 rozdělil pernštejnské panství na díly a Nové Město se stalo součástí tzv. novoměstsko-jimramovského dvojdílu. Obě části dvojdílu se začaly samostatně vyvíjet za Jana z Pernštejna, který nastoupil v roce 1521, po smrti Vilémově. Jan z Pernštejna byl Novému Městu příznivě nakloněn, svěřil mu výkon části vrchnostenských práv, vymohl mu koňský výroční trh a dal cechovní zřízení některým řemeslům.
Po smrti Jana z Pernštejna v roce 1548 převzal panství syn Vojtěch, za kterého se v roce 1555 stavěla renesanční radnice. Nejlépe se městečku vedlo za Vojtěchova bratra Vratislava, který vlastnil Nové Město od roku 1561 do roku 1582. Samotného Vratislava z Pernštejna však tížily značné dluhy. Nové Město mu nabídlo pomoc při jejich úhradě. Za odměnu dostala obec v roce 1564 správu panství s určitými omezeními a v roce 1580 Vratislav zvláštní listinou potvrdil a rozmnožil městečku dosavadní výsady a přenechal mu k užívání les Ochozu.
Zadlužené pernštejnské panství a s ním i Nové Město převzali v roce 1582 Vratislavovi synové Jan a Maxmilián z Pernštejna. Ti novoměstské panství prodali v roce 1588 Vilému Dubskému z Třebomyslic. Ten nechal stavebně upravit novoměstský renesanční zámeček a usídlil se v něm. Po dlouhé době vrchnost opět sídlila přímo ve městečku.
Vilém Dubský sici potvrdil dva cechovní řády a za něj se začal stavět také hřbitovní kostel, ale jinak městečku dosavadní výhody spíše omezoval. V roce 1603 přikoupil také jimramovské panství. V roce 1621 byl pro podezření z účasti na stavovském povstání internován v Brně. Byl omilostněn, avšak v roce 1624 byl znovu postaven před soud a odsouzen ke ztrátě jmění.
V roce 1624 bylo zkonfiskované novoměstské panství prodáno kardinálu Františkovi z Ditrichštejna, který měl v té době rovněž sousední klášterní panství žďárské, odkud byla nyní vykonávána správa zdejšího panství. Kardinál Ditrichštejn udělil v roce 1635 Novému Městu čtvrtý výroční trh, obnovil a rozmnožil jeho výsady a povýšil ho na město. Současně byl městu obnoven znak. Nové Město na Moravě má znak nakoso půlený. Horní polovina je zlatá, dolní červená. Dva vinařské nože stojí vedle sebe, jeden na zlatém poli a druhý na červeném poli. Nad noži na zlatém poli je knížecí klobouk, dole na červeném poli zlatý lev.
Když kardinál Ditrichštejn v roce 1636 zemřel, přenechal jeho bratr v roce 1638 novoměstské panství hospodářskému správci ditrichštejnských statků Šimonu Kratzerovi ze Schönsberka. Ten opět ve městě sídlil, staral se o hospodářský rozkvět panství a podporoval sklářskou výrobu na panství. Zamýšlel vybudovat na novoměstském panství také železářské hutě. K jeho záměru však nedošlo, protože v roce 1645 byl zastřelen Švédy při jejich útoku na město. Novoměstské panství od té doby spravoval a v roce 1660 převzal jeho syn František Maxmilián Kratzer.
F.M.Kratzer mezi tím uskutečnil záměr svého otce, když v roce 1651 postavil na Kadově dvě železářské vysoké pece a k tomu výrobou navazující hamry na Kuklíku, Vříšti a Líšné. Tím položil základ železářské výroby na Novoměstsku.
Za F.M.Kratzera se však začalo novoměstské panství značně zadlužovat, a když F.M.Kratzer v roce 1679 zemřel (je pochován v katolickém farním kostele), spravoval panství hlavní věřitel kníže Ferdinand Ditrichštejn. Jeho syn Leopold pak postoupil novoměstské panství v roce 1699 Nadačnímu ústavu šlechtičen „Mariánská škola“ v Brně.
Nadační ústav šlechtičen byl založen v roce 1654 v Brně, měl původně výchovné zaměření, později se z něj stala zaopatřovací instituce pro šlechtičny. K nadaci patřil palác v Brně, statek Medlánky a novoměstské panství, které zůstalo při této instituci až do roku 1945.
V čele Nadačního ústavu se vystřídalo mnoho šlechtičen. Za dobu jejich nadvlády proběhla na novoměstském panství v 18. století tzv. pozdní horská kolonizace, při které vznikly nejmladší vesnice jako např. Blatiny, Koníkov, Samotín, Krátká a Moravské Milovy. Za hraběnky Hohenzollernové (1721 – 1745) byl nově přestavěn katolický kostel, její nástupkyně baronka Miniati z Campoli (1746 – 1759) přestavěla barokně zámek a prodloužila hřbitovní kostel. Zrušením poddanství v roce 1848 – za baronky Skrbenské (1836 – 1858) – pozbyla vrchnost dosavadního významu.
V roce 1850 se Nové Město stalo sídlem okresního hejtmanství a zároveň jednoho ze tří soudních okresů. Od roku 1906 má Nové Město přívlastek „na Moravě“ pro odlišení od ostatních Nových Měst. V roce 1949 bylo sídlo okresu přeneseno do Žďáru nad Sázavou.
Novější dějiny města výrazně ovlivnilo založení reálného gymnázia v roce 1894, vybudování železnice z Tišnova do Žďáru nad Sázavou v roce 1905, rozvoj lyžování od konce 19. století a s ním související výroba lyží a rovněž tak výroba chirurgických nástrojů zahájená v roce 1949.